Klinisk diagnos är endast tillförlitlig vid lobär lunginflammation, men sannolikheten för pneumokocketiologi vid samhällsförvärvad lunginflammation, öroninflammation och bihåleinflammation är 60–80°. Diagnosen kan endast verifieras på basis av resultaten av mikrobiologisk undersökning av motsvarande biosubstrat: vid rinit – nässekret (utstryk), vid öroninflammation och bihåleinflammation – purulent exsudat, vid lunginflammation – sputum, vid hjärnhinneinflammation – cerebrospinalvätska.