Bestämning av antikroppar mot den mikrosomala fraktionen av sköldkörteln används för att diagnostisera autoimmun tyreoidit och hypotyreos, där nivån av antikroppar i blodet ökar. Antikroppar mot sköldkörtelmikrosomer bildar immunkomplex på cellytan, aktiverar komplement- och cytotoxiska lymfocyter, vilket leder till cellförstörelse och bildandet av en inflammatorisk process i sköldkörteln.