Oftast utvecklas pseudomembranös kolit under påverkan av långvarig användning av antibiotika som ampicillin, linkomycin, klindamycin, cefalosporiner, mer sällan - penicillin, erytromycin, kloramfenikol, tetracyklin. Clostridium difficile är en sporbildande grampositiv anaerob stav som kan producera två typer av exotoxiner: toxin A och toxin B. Det finns fyra huvudorsaker till pseudomembranös kolit i samband med C. difficile.