De huvudsakliga manifestationerna av magsår är smärta och dyspepsi (syndromet är en stabil uppsättning symtom som är karakteristiska för en given sjukdom). Smärta är det vanligaste symtomet på magsår och tolvfingertarmsår. Det är nödvändigt att fastställa smärtans art, frekvens, tidpunkt för uppkomst och försvinnande, samt dess samband med matintag.