Detektion av patogenen är av avgörande betydelse för att bekräfta diagnosen pneumocystos. Huvudmaterialet för studien är sputum, bronkialsekret, tvättvatten som erhållits under bronksköljning eller bronkoalveolär lavage, bitar av lungvävnad som tagits under transbronkiell, perkutan eller öppen biopsi. Oftast, på grund av patientens allvarliga tillstånd, utförs inte dessa manipulationer för att undvika komplikationer.