Alloimmun, eller isoimmun, neutropeni hos nyfödda uppstår hos fostret på grund av antigenisk inkompatibilitet mellan fostrets och moderns neutrofiler. Moderns isoantikroppar tillhör IgG-klassen, de penetrerar placentabarriären och förstör barnets neutrofiler. Isoantikroppar är vanligtvis leukoagglutininer, de reagerar med patientens och faderns celler, inte med moderns celler.