Pestens orsaksmedlet är en gramnegativ liten polymorf, icke-rörlig stav *Yersinia pestis* av familjen Enterobacteriaceae i släktet Yersinia. Den har en slemkapsel och bildar inga sporer. Den är en fakultativ anaerob bakterie. Den färgas med bipolära anilinfärgämnen (intensivare i kanterna). Det finns rått-, murmeldjur-, jordrott-, fält- och gerbilvarianter av pestbakterien.